Петкович начал тренерскую карьеру в 1989 году, он работал в боснийским "Бораце", немецких "Шарнхаузене", "Вернау", "Ринтхайме", "Озвайле", "Вецларе", "Фриш ауф Гёппингене", "Эйзенахе" и "Фьюксе Берлине", с которым выиграл Кубок Европейской федерации гандбола (EHF).